当学会は昭和59年（1984年）に日本小児東洋医学懇話会として産声を上げました。第1回大会は同年5月17日に宇都宮で開催されました。その後年1回の会合を重ね、4年後、昭和63年（1988年）には、日本小児東洋医学研究会へ名称変更いたしました。小児科領域の東洋医学を推進しようとする機運が高まり、1990年代には、日本小児科学会の会期中に、小児科学会の会頭が日本小児東洋医学研究会の会長を務め、徐々に小児科医の間での東洋医学の認知度が高まる契機となりました。2001年には、それまでの研究会組織から、日本小児東洋医学会として医学系学会の一員としてスタートを切ります。平成13年5月に第18回学術集会を開催し、この年から春の小児科学会の期間中と、年度後半の秋に学術集会を開催することになりました。この精力的な学会活動を牽引したのが、故飯倉洋治先生（昭和大学）です。飯倉先生は、バイタリティーあふれる探求心と実行力で、小児アレルギー・小児東洋医学の充実に貢献されました。平成13年より春の学術講演会の会頭を、本学会生え抜きの先生方が担当することになりました。この頃の本学会は、多士済々の熱心な小児東洋医学の担い手により、アットホームでありながら、それぞれの個性を生かした、多様な東洋医学の在り方を学ぶ貴重な機会でありました。平成23年まで、春と秋の二回開催は続きましたが、平成24年からは小児科学会とは別の会期で、当学会の単独での開催となりました。

　平成26年には、多くの医学系学術団体の法人化の先駆けとなる、当学会の一般社団法人化が和田恵美子先生（東京女子医科大学）、崎山武志先生（聖マリアンナ医科大学）のご尽力により実現いたしました。法人化に伴い、学術振興に加え、より公益性、公共性の高い学会活動が求められるようになりました。学会誌発刊と、学術講演会開催の他に、初学者への小規模のセミナー、一般市民を対象とした市民公開講座などを通じ、小児東洋医学のすそ野を広げる活動にも力を注いでおります。令和の時代を迎え、島根大学小児科学教室に事務局を移し、昭和、平成と小児東洋医学の重鎮である山口英明先生を新理事長に迎え、新体制の元さらなる飛躍を目指し活動をしております。